Che io sappia sulla tua moto è presente una sola sonda ossigeno, cioè quella della sonda lambda.
Io non credo che un malfunzionamento di tale sonda possa causare un difetto come quello da te dichiarato, comunque per fugare ogni dubbio in tale senso puoi scollegare la sonda lambda e provare se riesci a superare i 3000 giri; in passato ho provato la mia Bullet con la lambda scollegata e, a parte l'accensione della spia dell'errore, la moto andava bene ugualmente senza inconvenienti di sorta.
Visto che hai trovato la pompa benzina completamente ostruita da impurità potrebbe essere che parte di queste impurità abbia raggiunto il piccolo filtro benzina presente all'ingresso dell'iniettore ostruendolo parzialmente.